Odbor evropských fondů (FON) v programovém období 2014–2020 zajišťoval implementaci Operačního programu Praha – pól růstu ČR, v jehož rámci bylo podpořeno 1 595 projektů v hodnotě 10,2 mld. Kč. Dále FON v období 2016–2022 realizoval dva mezinárodní projekty financované z Interreg Europe (FINERPOL a STEPHANIE) v celkové hodnotě převyšující 75 mil. Kč. 

V současné době se pracovníci FON věnují monitoringu dotačních příležitostí otevřených pro hl. m. Prahu, městské části a organizace jimi založené a zřízené, zajišťují komplexní dotační poradenství a servis, připomínkují dotační tituly ve prospěch Prahy a vyjednávají co nejlepší pozici hlavního města pro programové období 2028+. V neposlední řadě FON v současnosti řídí Integrovanou strategii ITI Pražské metropolitní oblasti pro období 2021–2027.